Usaha manusia untuk mendapatkan galur/varietas unggul masih terus dilakukan sampai sekarang. Pendekatan Bioteknologi mulai dilakukan untuk mempercepat upaya tersebut, kegiatan ini biasanya dilakuakan dengan pendekatan ekspresi struktur gen, analisis genom, dan rekayasa genetika. Salah satu teknologi yang banyak digunakan untuk membantu program pemuliaan tanaman adalah marka molekuler. Marka molekuler dapat digunakan untuk seleksi pada fase bibit, tidak terpengaruh oleh lingkungan, dan dapat mendeteksi sifat-sifat yang sulit. Marka molekuler yang sudah dikembangkan pada saat ini banyak sekali, diantaranya RFLP, RAPD, AFLP, Microsatelit, SNiP, micro-array, dan lain-lain.

Pengkajian tentang marka molekuler ini dilakukan oleh Staf Peneliti BB-Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian-Bogor dan ini telah menunjukkan bahwa marka molekuler menjadi sangat penting untuk mengetahui pemanfaatan marka molekuler untuk tujuan pemuliaan tanaman, misalnya: i) untuk melihat kekerabatan tanaman dan sidik jari, sehingga dapat ditelusuri asal-usul tanaman dan pelabelan tanaman secara molekuler: ii) untuk pemetaan genetic, sehingga dapat diketahui porsi gen secara tepat di dalam genom tanaman: iii) membantu seleksi tanaman hasil persilangan. Seleksi dengan marka molekuler dapat membantu mempersingkat waktu mendapatkan galur-galur harapan.

Benih ataupun bibit, sebagai produk akhir dari suatu program pemuliaan tanaman, yang pada umumnya memiliki karakteristik keunggulan tertentu, mempunyai peranan yang vital sebagai penentu batas-batas produktivitas dan dalam menjamin keberhasilan budidaya tanaman. Sampai saat ini, upaya perbaikan genetik tanaman di Indonesia masih terbatas melalui metode pemuliaan tanaman konvensional, seperti persilangan, seleksi dan mutasi, dan masih belum secara optimal memanfaatkan aneka teknologi pemuliaan modern yang saat ini sangat pesat perkembangannya di negara-negara maju. Tujuan pemuliaan masih berkisar pada upaya peningkatan produktivitas, ketahanan terhadap hama dan penyakit utama dan toleransi terhadap cekaman lingkungan (Al, Fe, kadar garam, dll), pemuliaan kearah karakter kualitas paling sering dijumpai pada komoditas hortikultura. Pada umumnya, kegiatan pemuliaan di Indonesia masih didominasi oleh lembaga- lembaga pemerintah, sedangkan pihak swasta masih terbatas dalam upaya propagasi (perbanyakan) tanaman dan relatif sedikit yang sudah mengembangkan divisi R & D-nya. Riset pemuliaan molekuler masih sangat terbatas. Hal ini diungkapkan oleh peneliti BB-Bioteknologi dan Sumber daya Genetik-Bogor, Joko Prasetyo pada acara seminar hasil-hasil penelitian Budidaya Pertanian Universitas Mataram tanggal 4 Juni 2010 yang dihadiri oleh staf BPTP-NTB, Guru Besar, Dosen, Instansi terkait dan Mahasiswa yang diselenggarakan oleh Fakultas Pertanian Universitas Mataram.

Varietas tanaman secara hukum dapat dilindungi dengan perlindungnan varietas tanaman (PVT) yang merupakan salah satu perlindungan hak kekayaan intelektual (HKI) yang sifatnya individual. Sedangkan produk dari tanaman dapat diminatkan perlindungan indikasi geografis(IG) yang sifatnya komunal. Suatu varietas tanaman dapat dilindungi berdasarkan UU No 29 tahun 2000 tentang Perlindungan Varietas tannaman atas dasar kebaruan, keunikan, keseragaman dan kestabilan (BUSS). Produk dari suatu tanaman dapat dilindungi berdasarkan PP No 57 tahun 2007 tentang Indikasi Geografis. Indikasi geografis adalah suatu tanda yang menunjukkan daerah asal usul barang, yang karena factor geografis , termasuk factor alam, factor manusia, atau kombinasi dari kedua factor tersebut, memberikan ciri dan kualitas tertentu pada barang yang dihasilkan. Hal ini disampaikan pada sesi yang ke dua oleh sugiono Moeljopawiro. Dalam seminar ini beliau juga menyampaikan bahwa Perlindungan Varietas Tanaman bertujuan untuk meningkatkan nilai komersial, hal ini akan mendorong upaya untuk perbaikan varietas secara terus menerus baik dari sisi kualitas maupun kuantitas. Permohonan PVT dapat diajukan dipusat PVT, gedung E lt 3 kantor pusat kementrian pertanian, jln. Harsono RM no.3, Jakarta dan dapat menghubungi staf peneliti BB-Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian atau melalui e-mail Sugionom@indo.net.id. (Bq. Arie Sudarmayanti dan Nani Herawati)